目前临床上普遍应用的都属于HPV病毒DNA检测技术。只要是宿主细胞被高危型HPV病毒感染（无论是“活动性感染”还是“潜伏性感染”，或兼而有之）均有病毒DNA存在，因此可采用检测病毒DNA技术进行检测。

        但从治疗高危型HPV病毒感染的角度评估，HPV病毒“活动性感染”和“潜伏性感染”是两个不同的概念。在致病机制上，HPV病毒“活动性感染”是病毒感染宿主细胞的主要形式，而“潜伏性”感染是病毒持续性感染的一种基本方式，其能引发宫颈癌的发生。从病毒形态和基因结构上，“活动性感染”的HPV病毒含有病毒DNA（E）和外壳蛋白（L）；而“潜伏性感染”的病毒只含有病毒DNA（E）无病毒外壳蛋白（L）。

        分析临床干预和治疗高危型HPV病毒感染的药物作用机制，抗病毒药物直接杀灭病毒主要是针对HPV病毒粒子（活动性感染），而对潜伏性感染，由于HPV病毒DNA是以镶嵌的方式与宿主DNA整合，只有依赖机体的细胞免疫机制来清除被感染细胞，进而达到清除潜伏性感染的目的。因此，HPV病毒“活动感染”转阴和病毒载量消长及“潜伏感染”病毒滴度的变化，能科学的指导临床治疗。

        美国Advanced Medical Science公司的CytoReact细胞/组织人乳头瘤病毒（HPV L1）染色试剂盒能检测宫颈细胞组织中是否存在L1蛋白。只要病毒特异性蛋白存在，即表明HPV病毒活动性感染仍在继续，以此能及时为临床提供高危型HPV病毒“活动感染”变化的情况，对临床用药起到重要的参考作用。