HPV病毒预防性疫苗作用机制的前提是，人体还未被HPV病毒感染。高危型HPV病毒，只有形成蛋白外壳的病毒粒子，才对宿主细胞具有侵袭力。换句话说，入侵人体宿主细胞的高危型HPV病毒，虽然目前仍不清楚是由游离的还是封闭在脱落的鳞状上皮细胞内的病毒，但是该病毒为完整的病毒颗粒，是“活动性感染”（Active Infection）模式。人体注射HPV病毒疫苗后，如HPV病毒粒子感染细胞，中和抗体必须在自然的感染部位-粘膜起作用，此时入侵的高危型HPV病毒还没有机会形成“潜伏性感染”，病毒DNA也就没有机会与宿主细胞核DNA（基因组）整合，不会产生“免疫逃逸”，因此来犯病毒即被抗体介导的“中和反应”所全部清除，形成保护。